En fait, votre problème me semble lié à la répétition de contenus d'un point de vue purement technique et non pas littéraire.
Je m'explique.
Imaginons que votre site soit uniquement en HTML. Et bien plusieurs pages HTML ayant un nom différent, mais avec un contenu littéraire identique, impacteront significativement votre référencement, car Google va comparer (le début de) vos pages les unes aux autres.
À mon avis, le problème vient de la gestion du contenu littéraire par la nouvelle version de votre Prestashop. Je reste persuadé que cette nouvelle version rajoute des éléments similaires d'une page à une autre. Des marqueurs en quelque sorte. Ce qui donne l'impression aux robots de Google — qui traite ces marqueurs comme s’il s’agissait d’un contenu littéraire identique — qu'il s'agit des mêmes pages.
Pour votre webmaster, un test relativement simple à faire serait de faire passer au moins une page identique de votre site web, de votre ancienne version et de la nouvelle, entre les mailles du logiciel open source "HTTrack Website Copier" et de comparer ensuite le contenu HTML de ces deux pages. Vous saurez ainsi rapidement d'où vient votre problème en pointant du doigt ces fameux marqueurs, car "HTTrack Website Copier" génère les pages HTML d’un site de la même manière que les robots de Google.